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Los laboratorios ambientales a menudo tienen que analizar gran cantidad de muestras por procedimientos de rutina. Para hacerlo más rápidamente y de modo más repetible son útiles los sistemas automáticos. Los hay de dos tipos generales: discontinuos y continuos. Los primeros son como robots. Normalmente pueden tomar muestras automáticamente de una bandeja, prepararlas, tomar alícuotas, disolverlas, separar los analitos de la matriz, medir una señal analítica determinada, calibrar con patrones y presentar los datos. En medio ambiente se han ideado autoanalizadores discontinuos para medir el contenido de C, H, N, O y S de una muestra; o el de C y N disueltos. También pueden medir el pH y parámetros significativos como el C total, C orgánico, C inorgánico, N total, etc.
En los analizadores discontinuos cada muestra se encuentra en su propio recipiente. Sin embargo, en los continuos todas las muestras se inyectan secuencialmente en un flujo de un líquido portador. En la variedad de flujo segmentado, cada inyección se separa de la siguiente mediante una burbuja de aire que evita la mezcla de las muestras. En la de inyección en flujo continuo no se hace esta separación pero se procura que la hidrodinámica del flujo sea tal que impida la dispersión de cada muestra en el flujo y la consiguiente mezcla con la precedente y la antecedente. Algunos equipos están dotados con módulos especiales (dializadores, reductores, extractores, destiladores…) según los tratamientos que cada muestra precise.
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